Microbiom

Microbiome (din greacă micro , „mici“, și BIOS - ul , „viață“) este „Zona biotice“ (zona de viață care corespunde unei nișă ecologică ) a microbiotei , microbiotei cuvântul care desemnează aici speciile grupate anterior sub termenul „Microflora”, adică cele care predomină sau sunt adaptate în mod durabil la suprafața și interiorul unui organism viu.

Acest termen a fost introdus în 2001 de către geneticianul și microbiologul american Joshua Lederberg pentru a integra noțiunea unei comunități ecologice, incluzând simbionți , comensale și agenți patogeni care împart spațiul corpului uman, pentru a le recunoaște rolul lor ca determinanți ai sănătății și bolilor.

În limba engleză, termenul microbiom se referă la genomul (datele genetice ) al unei microbiote . Cu toate acestea, această definiție nu pare să obțină un consens în rândul autorilor francezi: potrivit lui Pascale Cossart „vorbim de„ microbiotă ”pentru a desemna toate speciile microbiene prezente într-un mediu și de„ microbiom ”atunci când vine vorba de„ setul de gene prezente în această microbiotă ' .

Conceptele științifice mobilizate

Microbiomul este expresia condițiilor ecologice ale acestor medii ( temperatură , pH , niveluri hormonale, grăsimi, proteine ​​etc. Expunere la UV , absența luminii , tipul de mucoasă etc.), condiții la care vor răspunde comunitățile. implicate, individual și / sau colectiv, și pe care le pot modifica sau menține pe termen scurt și mediu, dar și pe termen lung, adică cel al evoluției, sau mai precis al coevoluției microbiotei cu gazdele sale.

Acest concept cuprinde noțiunile de comunități microbiene, biodiversitatea microbiană (în număr de indivizi, microbi sunt cele mai numeroase organisme de pe pământ), ecologia microbiană și dăinuirea și funcționale interacțiunile dintre microorganisme, între ele și a organismului, sau între ele și diferite organe ( variind de la simplu comensalism la simbioză , endo- sau ectosimbioză).

Din ce în ce mai mult, are și baze genetice. Prin extensie, microbiomul poate desemna, de asemenea, suma genomului microorganismelor care trăiesc în sau pe un organism animal sau vegetal (în afară de o stare patologică ). Este posibilă secvențierea colectivă a acestor organisme ( metagenomică ), aplicabilă unui ecosistem complet.

Această noțiune provine din conceptul de comensalism teorizat de Pierre-Joseph van Beneden în a doua jumătate a secolului al XIX-lea.

Mycobiome  (în) este partea microbiome care se referă numai la microchampignons, vorbind exemplu de mycobiome umane la mycobiome intestinale (care ar putea juca un rol in boala Crohn ) sau mycobiome pulmonară. Acesta joacă un rol major în multe plante.

Cunoştinţe

Microbiota non-umană

De câteva decenii, cercetătorii au studiat cu atenție microbiomul speciilor care sunt departe de noi și care au capacități speciale de digestie sau simbioză cu anumite ecosisteme microbiene ( termite care mănâncă lemn , insecte erbivore sau reptile de exemplu sau păsări precum struțul renumit pentru dieta sa eclectică) sau rude ( primate de exemplu) și animale de producție ( în special microbiota rumegătoarelor , care joacă un rol important pentru sănătatea lor) ...

O microbiota vegetală , în special asociată cu rizosfera, este cunoscută de câteva decenii (compusă din bacterii și așa-numitele ciuperci micorizice ), în special în plantele vasculare . Și cercetătorii au arătat recent că unii copaci ( salicaceae ) au și endosimbioze în partea lor aeriană, cu bacterii fixatoare de azot care îi ajută în mod eficient să crească în locuri oligotrofe lipsite de azot bioassimilabil.

Studiile au arătat recent că un ecosistem cu diversitate biologică ridicată este mai stabil și că biodiversitatea plantelor crește productivitatea unui mediu. La niveluri trofice „inferioare”, microbiomul plantei are, de asemenea, o influență asupra stării de sănătate a plantelor gazdă și o ipoteză este că microbii asociați cu gazdele lor de plante pot influența chiar și funcționarea și starea ecosistemului prin rolul lor fenotip extins al organismelor lor gazdă. Dacă gradul de importanță al microbiomului vegetal pentru funcționarea ecosistemului nu a putut fi încă cuantificat, un experiment recent (2017) care s-a concentrat pe legătura dintre biodiversitatea copacilor și funcționarea ecosistemului împădurit a fost totuși puternic a susținut ipoteza că diversitatea bacteriilor găsite pe frunzele acestor copaci este legată pozitiv de productivitatea întregului ecosistem (chiar și după luarea în considerare a rolului diversității plantelor). Acest studiu a concluzionat, de asemenea, că identitatea speciilor gazdă, identitatea lor funcțională și diversitatea lor funcțională au fost principalii factori determinanți ai structurii și diversității comunităților bacteriene de frunze. Autorii concluzionează în acest caz o corelație pozitivă între diversitatea microbiană asociată plantei și productivitatea ecosistemului și invită să ia în considerare acest mecanism pentru a îmbunătăți modelele de relații dintre biodiversitate și ecosistem.

Studiul microbiomului uman

Microbiotei umane , încă foarte prost înțeleasă, este subiectul cercetării internaționale. Abia în decembrie 2007, în Statele Unite a fost lansat de NIH un vast proiect științific numit Human Microbiome Project, care vizează secvențierea tuturor genelor sau genomilor , microorganismelor care trăiesc în mod normal la om., Din probe prelevate din gură , gât și nas. , piele , tract digestiv și tractul urogenital feminin , de asemenea (mai recent) din tractul urogenital masculin .

Acest microbiom s-a dovedit a fi personal; provine parțial de la mamă, dar și de la tată, chiar dacă este influențat și de dietă și că se diversifică odată cu vârsta. De asemenea, poate dobândi gene de la bacterii externe, de exemplu de la bacterii marine, care pot fi transferate și persistă în bacteriile microbiomului japonez, selectate probabil pentru interesul lor pentru microbiom și / sau pentru gazdă.

Epidemiologa olandeză Elisabeth Bik este considerată o pionieră în microbiom și în 2016 a primit premiul Microbiome Pioneer , rezervat oamenilor de știință de frunte în domeniul microbiomului,

O bază de date concepută pentru acces gratuit și facilitarea muncii colaborative , care enumeră microbiomul oral, a fost deschisă la începutul anului 2008 de Institutul American de Cercetare Dentară și Craniofacială (NIDCR) în parteneriat cu cercetători din alte țări. Conținea deja 600 de microorganisme.
Datorită secvențierii ARNr 16S, cercetătorii vor putea treptat să clasifice aceste microorganisme într-un arbore genealogic și să înțeleagă mai bine importanța lor, de exemplu pentru exprimarea cariilor dentare sau a diferitelor tulburări digestive.

Instrumentele de studiu metagenomic și filogenetic al bacteriomului

Aceste „conducte de date” își propun să analizeze compoziția relativă a unei probe în bacterii, de exemplu:

  • MG-RAST .
Instrumente generale de profilare taxonomică (metagenomică)

Un alt tip de „conductă de date” își propune să studieze toți taxonii (cunoscuți) din același eșantion

  • MetaPhlan2 ,
  • Kraken2
  • Centrifugal
Instrumentele de studiu Virome

Rolurile benefice și uneori patogene ale microbiomului bacterian sunt acum recunoscute și din ce în ce mai studiate, dar rolul virușilor ( viromul , care poate afecta sănătatea gazdei (uman sau animal), dar și a bacteriilor inclusiv cu virusuri virale) sunt încă foarte puțin înțelese. Modificări semnificative ale viromului sunt observate, de exemplu, în sindromul de imunodeficiență dobândită și boala inflamatorie cronică a intestinului . În cadrul microbiotei, viromul probabil a subestimat legăturile cu sănătatea și bolile, la om, precum și la restul faunei din planuri și în relațiile ecosistemice. O mai bună cunoaștere a virusului este, de asemenea, o problemă pentru sănătatea animală și veterinară, pentru abordarea One Health recomandată de OMS și OIE, în timp ce riscul unei pandemii zoonotice crește și ecosistemele care necesită noi instrumente pentru a înțelege și studia virosfera .

Identificarea virușilor (cunoscuți sau necunoscuți) într-o probă compusă din mai multe microorganisme este mai dificilă decât cea a bacteriilor, deoarece secvențele virale sunt extrem de diverse și divergente, adesea fără similitudine nucleotidice cu vreo secvență virală cunoscută sau existentă. De bioinformatică utilizează apoi aminoacizi comparații acide mai dificil de a stabili, pe baza unor metode încă în curs de dezvoltare; descoperirea secvențelor virale se bazează pe o lungă muncă de aliniere a secvențelor cu alte secvențe virale stocate în marile biblioteci de baze de date genomice, deoarece spre deosebire de bacteriile în care ARN-ul 16S este întotdeauna prezent (la toți taxonii), virușii nu au astfel o genă distinctivă care ar însemna prezența unui virus, indiferent de taxonul acestuia.

Noile instrumente bioinformatice pentru profilarea taxonomică și metagenomică a biodiversității virale ( conducte de adnotare a datelor care integrează algoritmi de procesare dedicate) aplicate datelor mari care vor ieși din studiul secvențierii ADN sau ARN a virusosferei vor putea contribui la analiza compoziției viromi. Devine treptat posibilă evaluarea tipurilor virale și a abundenței lor relative în eșantioane. De exemplu, conductele de date construite pentru studiul virușilor sunt

  • VirusSeeker ,
  • Resursă informatică virală pentru explorarea metagenomului (VIROME),
  • viGEN , `
  • conducta de adnotare MetaGenome virală (VMGAP),
  • MetaVir ,
  • Lazypipe , dezvoltat de Universitatea din Helsinki, care externalizează și automatizează căutarea omologiilor genelor virale către un server separat, permițând utilizarea celor mai recente secvențe virale. Acest instrument (care integrează contagii virali) folosește motorul SANSparallel pentru a căuta omologi de aminoacizi în baza de date UniProtKB; SANSparallel fiind de 100 de ori mai rapid în general decât motorul de căutare blastp (utilizat de majoritatea celorlalte conducte de adnotare conform Somervuo și Holm, 2015).

Conductele și algoritmii pentru studiile genomice sunt, de asemenea, dedicate raportării de noi viruși încă necunoscuți științei, cu de exemplu:

  • Detectiv de genom ,
  • VIP ,
  • PathSeq ,
  • SURPI ,
  • READSCAN ,
  • VirusFinder
  • MetaShot .

Evoluția microbiomilor

Evoluția microbiomilor are ca rezultat existența unor modele de filosimbioză, în care compozițiile microbiotei a două specii sunt cu atât mai similare cu cât aceste specii sunt mai apropiate filogenetic. Acest fenomen a fost găsit pentru diferite tipuri de artropode, la maimuțe mari .

Mamifere-microb co-evolutia constituie un „paradox imunologic“ , de asemenea , numit „inflamație fiziologică“ . Acest paradox echivalează cu întrebarea prin ce mecanisme mamiferele pot combina simultan toleranța la microorganisme simbionte / comensale (simbionți) și eliminarea microorganismelor patogene (patobioniști). De aici și apariția unei noi paradigme științifice conform căreia dezvoltarea sistemului imunitar este legată de menținerea microbiomului.

Microbii se reproduc și evoluează într-un ritm mai rapid decât celulele gazdelor lor și evoluează sau co-evoluează în funcție de factori care sunt încă greu de înțeles, adesea sub controlul gazdei și / sau gazdei. a florei și a anumitor viruși, atât timp cât este în stare bună de sănătate.
De asemenea, pot beneficia de transferuri orizontale de gene (între celule, dar și între diferite specii), în special în microbiomul intestinal, transferuri care par mai rare și mai dificile între organisme mai complexe, în special animale.

Cunoașterea evoluției microbiomilor este încă incompletă. Cunoștințele din acest domeniu provin adesea din modele foarte simplificatoare și observații biologice bazate pe observații limitate ale comunităților foarte simplificate.

Știința este în curs de verificare dacă modelele de selecție și evoluție ale teoriilor ecologice și ecosistemice clasice (rezultate din observarea și studiul relațiilor dintre macroorganisme și ecosistemele lor) sunt, de asemenea, adecvate, sau nu, pentru microbiomi pentru care presiunile de selecție par să se aplice diferit sau la rate diferite.

Una dintre provocările de o mai bună înțelegere a funcționării microbiomurile este sănătatea , umane și animale, pentru că dezechilibrele sau „boli ale microbiome“ par să fie în măsură să afecteze sănătatea gazde (de exemplu , în ceea ce privește producția endogenă de către intestinal flora anumitor vitamine , sănătatea sexuală - cu microbiomul vaginal sau prepuț și penis - sau riscul obezității ).

Note și referințe

  1. Stéphane Blanc, Gilles Boëtsch, Martine Hossaert-McKey, François Renaud, Ecology of health , Recherches Midi,2017, p.  184.
  2. (în) Joshua Lederberg și Alexa T. McCray, „  „ Ome sweet ”omică un tezaur genealogic al cuvintelor  ” , Scientist , vol.  15, n o  7,2 aprilie 2001, p.  8 ( citește online )
  3. Cossart 2016 , p.  90.
  4. Yeoman, CJ; Chia, N; Yildirim, S.; Miller, MEB; Kent, A.; Stumpf, R.; Leigh, SR; Nelson, KE; Alb, BA; Wilson, BA (2011) Către un model evolutiv de microbiomi asociați animalelor  ; Entropy 2011, 13, 570-594 ( rezumat ), articol publicat sub licența CC-BY-SA
  5. Glosar Futura Sciences
  6. Poreau Brice, Biologie și complexitate: istorie și modele ale comensalismului . Teza de doctorat, Université Lyon 1, susținută pe 4 iulie 2014.
  7. Botterel, F., Angebault, C. și Bougnoux, ME (2015). Micobiomul uman: știri și perspective. Revue Francophone des Laboratoires, 2015 (469), 67-73 ( rezumat ).
  8. Nguyen, L. și Delhaes, L. (2015). concept nou - Micobiomul pulmonar . medicină / știință, 31 (11), 945-947.
  9. Hata, K., Futai, K. și Tsuda, M. (1998). Modificări sezoniere și ale vârstei dependente de vârstă ale micobiotei endofite la ace Pinus thunbergii și Pinus densiflora. Jurnalul canadian de botanică, 76 (2), 245-250.
  10. Warnecke, F.; Luginbühl, P.; Ivanova, N.; Ghassemian, M.; Richardson, TH; Stege, JT; Cayouette, M.; McHardy, AC; Djordjevic, G.; Aboushadi, N; și colab. (2007) Analiza metagenomică și funcțională a microbiomului intestinal al unui termit superior care hrănește lemnul . Nature, 450, 560-565.
  11. Suen, G.; Scot, JJ; Aylward, FO; Adams, SM; Tringe, SG; Pinto-Tomàs, AA; Foster, CE; Pauly, M; Weimer, PJ; Barry, KW; et al (2010) Un microbiom de erbivore cu insecte cu capacitate mare de degradare a biomasei plantelor. PLoS Genet, 6, e1001129.
  12. Costello, EK; Gordon, GI; Secor, SM; Knight, R. (2010), Remodelare postprandială a microbiomului intestinal în pitonii birmani . Int. Soc. Microb. Şcoală. , 4, 1375–1385
  13. Matsui, H.; Kato, Y.; Chikaraishi, T.; Moritani, M.; Ban-Tokuda, T.; Wakita, M. (2010) Diversitatea microbiană în ceca de struț, așa cum este dezvăluită de biblioteca de clone genetice de ARN ribosomal de 16 ani și detectarea de noi specii de Fibrobacter . Anaerobe, 16, 83-93.
  14. Yildrim, S.; Yeoman, CJ; Sipos, M.; Torralba, M.; Wilson, BA; Goldberg, T.; Stumpf, R.; Leigh, S.; Nelson, K.; White, BA (2010) Caracterizarea microbiomului fecal de la primate neumane relevă comunități microbiene specifice speciilor. PLoS ONE , 5, e13963.
  15. Rivera, AJ; Frank, JA; Stumpf, R.; Salyers, AA; Wilson, BA; Olsen, GJ; Leigh, S (2010) Diferențe între comunitatea bacteriană vaginală normală de babuini și cea a oamenilor . Am. J. Primatol., 71, 1-8.
  16. Brulc, JM; Antonopoulos, DA; Miller, ME; Wilson, MK; Yannarell, AC; Dinsdale, EA; Edwards, RE; Frank, ED; Emerson, JB; Wacklin, P.; și colab. (2009) Metagenomica centrică genetică a microbiomului rumenului bovin aderent la fibre relevă hidrolaze glicozidice specifice de foraj . Proc. Natl. Acad. Știință. SUA, 106, 1948–1953.
  17. Tilman, D., Reich, PB & Isbell, F. Biodiversitatea afectează productivitatea ecosistemului la fel de mult ca resursele, perturbarea sau erbivorul. Proc. Natl Acad. Știință. SUA 109, 10394-10397 (2012)
  18. Liang, J. și colab. Relația pozitivă biodiversitate-productivitate predominantă în pădurile globale. Science 354, aaf8957 (2016)
  19. Vandenkoornhuyse, P., Quaiser, A., Duhamel, M., Le Van, A. & Dufresne, A. Importanța microbiomului holobiontului de plante. Fitol nou. 206, 1196-1206 (2015)
  20. Vorholt, JA Viața microbiană în filosferă. Nat. Rev. Microbiol. 10, 828–840 (2012)
  21. Bringel, F. & Couée, I. Roluri esențiale ale microorganismelor filosferice la interfața dintre funcționarea plantelor și dinamica gazelor atmosferice. Frunte. Microbiol. 6, 486 (2015)
  22. Müller, DB, Vogel, C., Bai, Y. & Vorholt, JA Microbiota plantelor: perspective și perspective despre biologia sistemelor. Annu. Rev. Mătură. 50, 211–234 (2016)
  23. Isabelle Laforest-Lapointe, Alain Paquette Christian Messier & Steven W. Kembel (2017) Diversitatea bacteriană a frunzelor mediază diversitatea plantelor și relațiile funcționale ale ecosistemului  ; Natură ; doi: 10.1038 / nature22399, încărcat pe 24 mai 2017
  24. Turnbaugh, PJ; Ley, RE; Hamady, M.; Fraser-Liggett, CM; Knight, R.; Gordon, JI (2007) Proiectul microbiomului uman . Natura, 449, 804–810
  25. Consorțiul de tulpini de referință pentru microbiomul uman Jumpstart. Un catalog de genomi de referință din microbiomul uman . Știința 2010, 328, 994–999.
  26. „  Oamenii de știință lansează prima bază de date cuprinzătoare a microbiomului oral uman  ”; Comunicat de presă NIH , 25 martie 2008
  27. Angela B. Javurek, William G. Spollen, Amber M. Mann Ali, Sarah A. Johnson, Dennis B. Lubahn, Nathan J. Bivens, Karen H. Bromert, Mark R. Ellersieck, Scott A. Givan & Cheryl S. Rosenfeld (2016) Descoperirea unui nou microbiom fluid fluid și a influenței receptorului de estrogen al statusului genetic alfa ; Rapoarte științifice 14 martie 2016; doi: 10.1038 / srep23027
  28. Benson, AK; Kelly, SA; Legge, R.; F .; Scăzut, SJ; Kim, J; Zhang, M.; Oh, PL; Nehrenberg, D.; Hua, K.; și colab. (2010) Individualitatea în compoziția microbiomului intestinal este o trăsătură poligenică complexă modelată de mai mulți factori genetici de mediu și gazdă . Proc. Natl. Acad. Știință. SUA, 107, 18933–18938
  29. Turnbaugh, PJ; Ridaura, V; Faith, JJ; Rey, F.; Knight, R.; Gordon, JI (2009) Efectul dietei asupra microbiomului intestinal uman: o analiză metagenomică la șoarecii gnotobiotici umanizați . Știință. Trad. Med, 1, 6-14
  30. De la Filippo, C.; Cavalieri, D.; Di Paola, M.; Ramazzotti, M.; Poullet, JB; Massart, S.; Collini, S.; Pieraccini, G.; Lionetti, P. (2010) Impactul dietei în modelarea microbiomului intestinal dezvăluit de un studiu comparativ la copii din Europa și Africa rurală . Proc. Natl. Acad. Știință. SUA, 107, 14691–14696.
  31. Mihajlovski, A.; Doré, J.; Levenez, F.; Monique, A.; Brugère, J (2010) Evaluarea moleculară a microbiomului arhaeal metanogen al intestinului uman relevă o creștere a diversității asociată vârstei. Despre. Microbiol. Rep. 2, 272–280
  32. Hehemann, JH; Correc, G.; Barbeyron, T.; Helbert, W.; Czjzek, M.; Michel, G. (2010); Transferul enzimelor active în carbohidrați de la bacteriile marine în microbiomul intestinal japonez. Natura, 464, 908–912.
  33. Meyer, F. și colab. (2008) Serverul metagenomic RAST - o resursă publică pentru analiza filogenetică și funcțională automată a metagenomilor. BMC Bioinformatics, 9, 386.
  34. Truong, DT și colab. (2015) MetaPhlAn2 pentru profilare taxonomică metagenomică îmbunătățită. Nat. Metode, 12, 902.
  35. Wood, DE și colab. (2019) Analiza metagenomică îmbunătățită cu Kraken 2. Genome Biol., 20, 25
  36. Kim, D. și colab. (2016a) Centrifugă: clasificare rapidă și sensibilă a secvențelor metagenomice. Genome Res., 26, 1721-1729.
  37. (en) Ilya Plyusnin , Ravi Kant , Anne J. Jaaskelainen și Tarja Sironen , „  Pipeline NGS roman pentru descoperirea virusului dintr-un spectru larg de gazde și tipuri de probe  ” , BioRxiv , Bioinformatică,8 mai 2020( DOI  10.1101 / 2020.05.07.082107 , citit online , consultat la 12 mai 2020 )
  38. Biedermann, L. și Rogler, G. (2015) Microbiota intestinală: rolul său în sănătate și boală. Euro. J. Pediatr., 174, 151–167.
  39. Lim, ES și colab. (2015) Dinamica vieții timpurii a viromului intestinal uman și a microbiomului bacterian la sugari. Nat. Med., 21, 1228–1234.
  40. Neil, JA și Cadwell, K. (2018) Viromul intestinal și imunitatea. J. Immunol., 201, 1615–1624
  41. Norman, JM și colab. (2015) Modificări specifice bolii viromului enteric în boala inflamatorie intestinală. Cell, 160, 447-460.
  42. Wang, Q. și colab. (2013) VirusFinder: software pentru detectarea eficientă și precisă a virușilor și a site-urilor de integrare a acestora în genomii gazdă prin date de secvențiere de generație următoare. PloS One, 8, e64465
  43. Takeuchi, F. și colab. (2014) MePIC, identificarea agentului patogen metagenomic pentru probele clinice. Jpn. J. Infectează. Dis., 67, 62-65.
  44. Zhao, G. și colab. (2017) VirusSeeker, o conductă de calcul pentru descoperirea virusului și analiza compoziției virome. Virologie, 503, 21-30
  45. Wommack, KE și colab. (2012) VIROME: o procedură standard de operare pentru analiza secvențelor virale de metagenom. Stand. Genomic Sci., 6, 427-439
  46. Bhuvaneshwar, K. și colab. (2018) viGEN: O conductă sursă deschisă pentru detectarea și cuantificarea ARN-ului viral în tumorile umane. Frunte. Microbiol., 9, 1172
  47. Lorenzi, HA și colab. (2011) TheViral MetaGenome Annotation Pipeline (VMGAP): un instrument automat pentru adnotarea funcțională a datelor virale de secvențiere a armei metagenomice. Stand. Genomic Sci., 4, 418-429
  48. Roux, S. și colab. (2014) Metavir 2: noi instrumente pentru compararea metagenomului viral și analiza viromului asamblată. BMC Bioinformatics, 15, 76.
  49. Roux, S. și colab. (2014) Metavir 2: noi instrumente pentru compararea metagenomului viral și analiza viromului asamblată. BMC Bioinformatics, 15, 76.
  50. Zhao, G. și colab. (2017) VirusSeeker, o conductă de calcul pentru descoperirea virusului și analiza compoziției virome. Virologie, 503, 21-30.
  51. Somervuo, P. și Holm, L. (2015) SANSparallel: căutare interactivă de omologie împotriva Uniprot. Acizi nucleici Res., 43, W24 - W29
  52. Vilsker, M. și colab. (2019) Genome Detective: un sistem automat pentru identificarea virusului din date de secvențializare de mare viteză. Bioinforma. Oxf. Engleză, 35, 871-873.
  53. Li, Y. și colab. (2016) VIP: o conductă integrată pentru metagenomica identificării și descoperirii virusului. Știință. Rep., 6, 23774.
  54. Kostic, AD și colab. (2011) PathSeq: software pentru identificarea sau descoperirea microbilor prin secvențierea profundă a țesutului uman. Nat. Biotehnologie, 29, 393-396
  55. Ho, T. și Tzanetakis, IE (2014) Dezvoltarea unei conducte de detectare și descoperire a virusului utilizând secvențierea următoarei generații. Virologie, 471–473, 54–60
  56. Naeem, R. și colab. (2013) READSCAN: un program rapid și scalabil de descoperire a agenților patogeni cu estimare exactă a abundenței relative a genomului. Bioinforma. Oxf. Engleză, 29, 391-392.
  57. Fosso, B. și colab. (2017) MetaShot: un flux de lucru precis pentru clasificarea taxonului microbiomului asociat gazdei din datele metagenomice ale puștii. Bioinformatică, 33, 1730–1732.
  58. (în) Brucker RM Bordenstein SR, "  Baza speciației hologenomice: bacteriile intestinale cauzează letalitatea în genul hibrid Nasonia  " , Știință , vol.  341, nr .  6246,9 august 2013, p.  667-669 ( DOI  10.1126 / science.1240659 ).
  59. Thierry Lefevre, Michel Raymond și Frédéric Thomas, Biologie evolutivă , De Boeck Superieur,2016, p.  625.
  60. Mecanisme de tolerogeneză pasivă (microbiota stealth) și activă (producerea de anticorpi , compartimentare).
  61. (în) Eric T. Harvill, „  Cultivarea„ frienemiilor ”noastre: vizualizarea imunității ca microbiom de management  ” , mbio , vol.  4, n o  226 martie 2013( DOI  10.1128 / mBio.00027-13 ).
  62. Oh, PL; Benson, AK; Peterson, DA; Patil, PB; Moriyama, EN; Roos, S.; Walter, J. (2010) Diversificarea simbolului intestinal Lactobacillus reuteri ca rezultat al evoluției conduse de gazdă. ISME, 4, 377–387.
  63. Pal, C.; Maciá, MD; Oliver, A.; Schachar, I.; Buckling, A. (2007), Coevoluția cu viruși conduce evoluția ratelor de mutație bacteriană . Natura, 450, 1079–1081
  64. Garcia-Vallvé, S.; Romeu, A.; Palau, J. (2000) Transferul de gene orizontal în genomi complet bacterieni și arheici . Genom Res, 10, 1719
  65. Cohen, O.; Pupko, T. (2010), Inferența și caracterizarea familiilor de gene transferate orizontal folosind cartografierea stocastică . Mol. Biol. Evol, 27, 703
  66. Qu, A.; Brulc, JM; Wilson, MK; Drept, BF; Teoretic, JR; Joens, LA; Konkel, ME; Angly, F.; Dinsdale, EA; Edwards, RE; Nelson, KE; White, BA (2008), Metagenomica comparativă relevă metaviruloame specifice gazdei și elemente orizontale de transfer de gene în microbiomul cecum de pui. PLoS ON, 3, e2945
  67. Prosser, JI; Bohannan, BJM; Curtis, TP; Ellis, RJ; Firestone, MK; Freckleton, RP; Verde, JL; Verde, LE; Killham, K.; Lennon, JJ; și colab. (2007), Rolul teoriei ecologice în ecologia microbiană . Nat. Rev. Microbiol, 5, 384-392
  68. Foster, JA; Krone, SM; Forney, LJ (2008), Aplicarea teoriei rețelelor ecologice la microbiomul uman . Interdiscip. Perspectivă. Infecta. Spune. doi: 10.1155 / 2008/839501
  69. Hill, MJ Flora intestinală și sinteza endogenă a vitaminelor. Euro. J. Cancer Prev. 1997, 6 (Supliment. 1), S43 - S45.
  70. Wilson, BA; Thomas, SM; Ho, M (2010) Microbiomul vaginal uman . În Metagenomica corpului uman; Nelson, KE, Ed.; Springer: New York, NY, SUA
  71. Preț, LB; Liu, CM; Johnson, KE; Aziz, M.; Lau, MK; Bowers, J.; Ravel, J.; Keim, PS; Serwadda, D.; Wawer, MJ; Grey, RH (2010) Efectele circumciziei asupra microbiomului penisului . PLoS ON, 5, e8422
  72. Schwiertz, A.; Taras, D.; Schäfer, K.; Beijer, S.; Bos, NA; Donus, C.; Hardt, PD (2010) Microbiom și SCFA la subiecții sănătoși slabi și supraponderali . Obezitate, 18, 190–195.
  73. Turnbaugh, PJ; Hamady, M.; Yatsunenko, T.; Cantarel, BL; Duncan, A.; Ley, RE; Sogin, M.; Jones, WJ; Roe, BA; Affourtit, JP; și colab. (2008) Un microbiom intestinal de bază la gemenii obezi și slabi . Natura, 453, 480–484.

Vezi și tu

Bibliografie

Cărți în franceză
  • Pascale Cossart, Noua microbiologie: de la microbiota la CRISPR , Paris, Odile Jacob ,2016, 255  p. ( ISBN  978-2-7381-3331-1 , OCLC  951677729 , citit online )
  • Debré, Patrice, L'Homme microbiotique , Éd. Odile Jacob, 2015, 288 p.
Cărți în limba engleză
  • Fraune, S.; Bosch, TCG (2007) Menținerea pe termen lung a microbiomului bacterian specific speciei în metazoanul bazal Hydra . Proc. Natl. Acad. Știință. SUA, 104, 32.
  • Zaura, E.; Keijser, BJ; Huse, SM; Crielaard, W (2009). Definirea „microbiomului de bază” sănătos al comunităților microbiene orale . BMC Microbiol, 9, 259
  • Vijay-Kumar, M.; Aitken, JD; Carvalho, FA; Cullender, TC; Mwangi, S.; Srinivasan, S.; Sitaraman, SV; Knight, R.; Ley, RE; Gewirtz, AT (2010), Sindromul metabolic și modificarea microbiomului intestinal la șoareci lipsiți de receptor de taxare 5 . Știință, 328, 228–231
  • Van Bonn, William și colab., Răspunsul microbiomului acvariului la noua la sută la schimbarea apei din sistem: Indicii despre gestionarea microbiomului, Zoo Biology, 2015, vol. 34, pp. 360-367
  • Gilbert, JA, Jansson, JK, Knight, R., The Earth Microbiome project: successs and aspirations, BMC Biol. 2014, vol. 12, p. 69.
  • Larsen, AM și colab., Caracterizarea microbiotei intestinale a trei specii de pești de apă caldă valoroase din punct de vedere comercial, Journal of Applied Microbiology, 2014, vol. 116, pp. 1396-1404
  • Kramer, A. și colab., Menținerea sănătății prin echilibrarea expunerii microbiene și prevenirea infecției: ipoteza igienei versus ipoteza provocării imune timpurii, Journal of Hospital Infection, 2013 vol. 83, pp. S29-S34.
  • Balter, M., Evaluarea microbiomului și bolii umane, Știință, 2012 vol.336, pp. 1246-1247.
  • Caporaso, JG, Lauber, CL, Walters, WA și colab., Analiza comunității microbiene cu randament ultra-ridicat pe platformele Illumina HiSeq și MiSeq, ISME J. 2012, vol. 6, pp. 1621-1624.
  • Mitchell, L. și colab., Diversitatea microbiană în marea adâncă și „biosfera rară” subexplorată, Proceedings of the National Academy of Sciences, US A., 2006, vol. 103 (32), pp. 12115-20.
  • McFall-Ngai, Margaret J., Unseen forces: the influence of bacteria on animal development, Developmental Biology, 2002 1 februarie, vol. 242 (1), pp. 1-14.

Articole similare

linkuri externe