În genetică moleculară , un cadru de citire deschis sau cadru de citire deschis ( cadru de citire deschis sau ORF în engleză), face parte dintr-un cadru de citire poate fi tradus în proteină sau peptidă . Este o secvență de codoni care cuprinde codonul de pornire și un codon de oprire , în general UAA, UAG sau UGA. Un codon de inițiere AUG al cadrului de citire deschis - un codon care nu este neapărat primul din acest codon - poate indica începutul traducerii. Site-ul de terminare a transcrierii este situat după cadrul de citire deschis, dincolo de codonul stop. Conceptul de cadru de citire deschis este utilizat pe scară largă pentru predicția genelor .
Cadrele de citire deschise care codifică proteinele la lungimea lor sunt cel mai adesea recunoscute. Codul genetic care cuprinde 64 de codoni, inclusiv trei codoni stop, lungimea medie a unui cadru deschis de citire într - o secvență „ la întâmplare“ este de aproximativ douăzeci de codoni. Lanțurile proteice cu o lungime medie de 300 până la 400 de reziduuri de aminoacizi sunt asociate cu cadrele de citire deschise ale codonilor 300 până la 400, care sunt, prin urmare, ușor de distins de zgomotul de fond .
În eucariote , genele conțin de obicei mai mulți exoni , deci cadrele de citire deschise se întind pe mai mulți exoni; acestea sunt îmbinate pentru a elimina intronii din ARN-ul mesager pentru a reconstitui secvența de codare ( secvența de ADN de codare sau CDS în limba engleză), care este întotdeauna inclusă într-un cadru de citire deschis cu, în amonte de secvența de codificare, regiunea 5 'netradusă (5'-UTR) și, în aval de secvența de codificare, regiunea 3 'netradusă (3'-UTR). Intronii pot conține codoni stop și nu au neapărat o dimensiune divizibilă cu 3. Noțiunea de cadru de citire deschisă se aplică deci mARN-ului matur, după îmbinare.
În contextul predicției genice, definiția start-stop a unui cadru de lectură deschis este uneori pusă sub semnul întrebării, în favoarea unei definiții stop-stop considerată mai generală, deoarece poate fi aplicată căutării exonilor în genomurile eucariote și analiza genelor / transcrierilor parțiale, obținute de exemplu prin secvențierea transcriptomilor sau metagenomilor .
Fiecare secvență ADN poate conține trei cadre de citire deplasate cu un nucleotid unul de celălalt (+1 sau -1). Pe ADN , poate exista transcriere în ARN a oricăreia dintre cele două catene , rezultând un total de șase cadre de citire.
Căutarea cadrelor de citire deschise a fost facilitată de apariția unor instrumente bioinformatice eficiente. Această cercetare este mai ușoară la procariote decât la eucariote, genele acestora din urmă fiind compuse dintr-o succesiune de introni și exoni .