001 | Lipici | Pentru | Gln | Insulă | Thr | Gly | Arg | Pro | Lipici | Trp |
011 | Insulă | Trp | Leu | Pentru | Leu | Gly | Thr | Pentru | Leu | Întâlnit |
021 | Gly | Leu | Gly | Thr | Leu | Tyr | Phe | Leu | Val | Crini |
031 | Gly | Întâlnit | Gly | Val | Ser | Asp | Pro | Asp | Pentru | Crini |
041 | Crini | Phe | Tyr | Pentru | Insulă | Thr | Thr | Leu | Val | Pro |
051 | Pentru | Insulă | Pentru | Phe | Thr | Întâlnit | Tyr | Leu | Ser | Întâlnit |
061 | Leu | Leu | Gly | Tyr | Gly | Leu | Thr | Întâlnit | Val | Pro |
071 | Phe | Gly | Gly | Lipici | Gln | Asn | Pro | Insulă | Tyr | Trp |
081 | Pentru | Arg | Tyr | Pentru | Asp | Trp | Leu | Phe | Thr | Thr |
091 | Pro | Leu | Leu | Leu | Leu | Asp | Leu | Pentru | Leu | Leu |
101 | Val | Asp | Pentru | Asp | Gln | Gly | Thr | Insulă | Leu | Pentru |
111 | Leu | Val | Gly | Pentru | Asx | Gly | Insulă | Întâlnit | Insulă | Gly |
121 | Thr | Gly | Leu | Val | Gly | Pentru | Leu | Thr | Crini | Val |
131 | Tyr | Ser | Tyr | Arg | Phe | Val | Trp | Trp | Pentru | Insulă |
141 | Ser | Thr | Pentru | Pentru | Întâlnit | Leu | Tyr | Insulă | Leu | Tyr |
151 | Val | Leu | Phe | Phe | Gly | Phe | Thr | Ser | Crini | Pentru |
161 | Glx | Ser | Întâlnit | Arg | Pro | Lipici | Val | Pentru | Ser | Thr |
171 | Phe | Crini | Val | Leu | Arg | Asn | Val | Thr | Val | Val |
181 | Leu | Trp | Ser | Pentru | Tyr | Pro | Val | Val | Trp | Leu |
191 | Insulă | Gly | Ser | Lipici | Gly | Pentru | Gly | Insulă | Val | Pro |
201 | Leu | Asn | Insulă | Lipici | Thr | Leu | Leu | Phe | Întâlnit | Val |
211 | Leu | Asp | Val | Ser | Pentru | Crini | Val | Gly | Phe | Gly |
221 | Leu | Insulă | Leu | Leu | Arg | Ser | Arg | Pentru | Insulă | Phe |
231 | Gly | Lipici | Pentru | Lipici | Pentru | Pro | Lipici | Pro | Ser | Pentru |
241 | Gly | Asp | Gly | Pentru | Pentru | Pentru | Thr | Ser | ||
Secvența peptidică a bacteriorodopsinei . |
Bacteriorodopsină este o mică proteină găsită în anumite Archaea , inclusiv halobacteria , în cazul în care aceasta funcționează ca o pompă de protoni folosind energia luminii pentru a genera un gradient de de protoni prin membrană celulei .
Această proteină se găsește în special în membrana purpurie a arheilor halofile Halobacterium salinarum .
Această proteină de 248 aminoacizi este sub forma unui homotrimer cu simetrie cilindrică. Fiecare dintre cele trei unități identice are o structură de șapte helice transmembranare α - o structură numită opsină - care prinde un cromofor , aici o moleculă de retină legată de reziduul de lizină 216 printr-o bază Schiff protonată.
Molecula se comportă în general ca o pompă de protoni generând o diferență de pH între regiunea extracelulară și interiorul celulei, gradient de protoni care la rândul său permite producerea de ATP .
Pomparea protonilor din celulă este acționată de modificări conformaționale ale bacteriorodopsinei induse de alternanța dintre forma excitată 13- cis , 15- syn și forma all- trans , 15- anti la starea de bază a retinei .:
Mecanismul de pompare poate fi rezumat după cum urmează:
Retina reprotonată își recapătă configurația all- trans și proteina, ale cărei sarcini electrice interne s-au reechilibrat, revine la conformația sa inițială. Fiecare dintre aceste fotocicluri durează 10-20 ms in vivo .
Simplitatea bacteriorodopsinei a făcut-o un model pentru studiul bioenergeticii și pentru transportul membranelor . Este, de asemenea, de interes pentru industria de stocare a datelor , în măsura în care ar putea servi ca unitate de stocare extrem de miniaturizată controlabilă prin impulsuri de lumină (cu o rată de un bit pe moleculă, un disc cu diametrul de 12 cm ar putea conține 20 până la 50 TB ). Utilizarea bacteriorodopsinei este una dintre primele aplicații ale electronicii moleculare organice, o disciplină emergentă în nanoinformatică .