Marker genetic

Marker genetic este o genă sau polimorfa ADN secvență ușor de detectat de către o locație cunoscută pe un cromozom . Poate fi folosit în cartografierea genetică pentru a „eticheta” genomul și a identifica indivizii sau speciile.

Markerul genetic poate fi descris ca o variație (care poate apărea datorită mutației sau modificării loci genomice) care poate fi observată. Un marker genetic poate fi o secvență scurtă de ADN, cum ar fi o secvență în jurul unei singure perechi de baze (polimorfism nucleotidic unic, SNP ) sau secvențe repetate ( VNTR ), cum ar fi minisateliții .

Până în 1980 , markerii genetici erau morfologici, deoarece se bazau numai pe gene polimorfe mapate din analiza fenotipurilor . Noile biotehnologii ( PCR etc.) permit analiza directă a polimorfismului secvențelor ADN pentru a întocmi o hartă genetică ( markeri moleculari - direct ADN - sau biochimici).

Tipuri de markeri

Există diferite tipuri de markeri:

• RFLP , polimorfism de lungime a fragmentului de restricție,
• AFLP , polimorfism de lungime a fragmentului amplificat
• SSLP , polimorfism de lungime simplă a secvenței
• RAPD , Amplificarea aleatorie a ADN-ului polimorf
• SNP , polimorfism nucleotidic,
• SSCP , polimorfism conformațional monocatenar
• EST , Marker de secvență exprimat,
• CNV , Variabilitatea numărului de exemplare,
• VNTR , secvență repetată
  • SSR (repetare simplă a secvenței) sau polimorfism microsatelit ,
  • minisatelit ,
  • STS , site etichetat secvențial

Caracteristici

Potrivit lui Bretting și Widrlechner (1995), condițiile ideale pentru un marker genetic sunt:

• să fie polimorf , pentru a putea diferenția cu ușurință între indivizi sau descendenți;
• să fie relativ „neutru”, atât în ​​ceea ce privește valoarea trăsăturii studiate, cât și a valorii selective  ;
• să fie codominant , pentru a distinge heterozigoții de homozigoti  ;
• fii o trăsătură mendeliană moștenită simplă;
• să nu fie pleiotrop sau epistatic  ;
• să fie dispersat de-a lungul genomului;
• să nu fie legat de un alt marker;
• să fie stabil, indiferent de stadiul dezvoltării;
• să nu aibă niciun impact asupra creșterii sau reproducerii sexuale;
• să fie ușor de observat, fără posibilă ambiguitate;
• fii ieftin;

Clasificarea markerilor

Ele pot fi clasificate în trei grupuri, în funcție de faptul că dezvăluie:

• codominance sau alela dominantă
• polimorfism de secvențe sau unități repetate
• un locus , o anumită regiune sau regiuni întregi ( profil genetic , hărți genetice saturate).

Note și referințe

1. Daniel Prat & al, Analiza genomului și gestionarea resurselor genetice forestiere [ citiți online ] , pp. 73-74, ed. Quae, 2006, 456 p. ( ISBN  2738012272 ) .
2. D. De Vienne și S. Santoni , „  Principalele surse de markeri moleculari  ”, Markeri moleculari în genetică ,1998, p.  49-79

Nu trebuie confundat

• Gena marker , care servește drept control pentru transformarea genetică,
• Marker biologic , martor la tulburări ecologice,