PCR in silico este un instrument de bioinformatica utilizată pentru simularea PCR pentru un set de primeri dat.
Acest instrument este utilizat pentru a optimiza proiectarea sondelor pe baza ADN-ului țintă (sau ADNc). Optimizarea sondelor are două obiective: eficiență și selectivitate. Eficiența este îmbunătățită luând în considerare factori precum proporția GC, eficiența hibridizării, complementaritatea, structura secundară a acizilor nucleici și punctul de topire (Tm) al ADN-ului. Creșterea selectivității împiedică sonda să se atașeze aleatoriu la un alt site sau la o regiune conservată într-o altă genă din aceeași familie. Dacă selectivitatea este insuficientă, ampliconul va fi un amestec de mai multe produse, în plus față de secvența de interes.
În afară de crearea primerilor corespunzători, instrumentele in silico PCR fac posibilă prezicerea locației de legare a primerului, orientarea acestuia, lungimea fiecărui amplicon, făcând posibilă prezicerea mobilității în electroforeză a diferitelor sale componente și identificați un posibil cadru de lectură deschis .
O mulțime de software este disponibil. Unul dintre cele mai utilizate este e-PCR, care este disponibil gratuit pe site-ul web al Centrului Național pentru Informații despre Biotehnologie . FastPCR este un software comercial pentru testarea simultană a unui set de primeri pentru mai multe secvențe țintă ( multiplex PCR ).
VPCR permite efectuarea unei simulări dinamice a PCR multiplex, pentru a estima efectele cantitative ale concurenței dintre diferitele ampliconi.
Un primer se poate lega de multe secvențe prezise, dar numai secvențele fără sau cu puține nepotriviri (1 sau 2, în funcție de locație) în apropierea capătului 3 'al primerului pot duce la extinderea polimerazei. Aceasta este pentru ultimele 10-12 baze în apropierea capătului 3 '.