În Șiiții din Uzbekistan este o mică minoritate sectă, compusă aproape în întregime din etnice Iran . Există doar trei moschei Shia înregistrate în țară, două în Samarkand și una în Bukhara ; aceste două orașe au locuitori de origine iraniană.
Istoricul Jed Snyder remarcă faptul că înainte de invaziile rusești de la sfârșitul anilor 1800, bătăliile nu erau neobișnuite între facțiunile șiate și sunnite din Samarkand. Șiiții au fost în mare parte asimilați de sunniți în perioada de ocupare post-rusă.
În timp ce șiiții uzbeci nu sunt suficient de numeroși pentru a forma o comunitate în Uzbekistan (din cauza lipsei de instituții capabile să le federeze), putem atașa câteva grupuri la șiism: „Ironis, Persiyons, Azerits și Ismailis”.
Deși guvernul a permis acestor moschei șiite să funcționeze, unii șiiți uzbeci se tem că guvernul împiedică înregistrarea noilor moschei șiate și că organismul religios național oficial, Administrația spirituală a musulmanilor din Uzbekistan, a eșuat. În plus, de la epoca sovietică, nu a existat nici o Shra Madrasah în țară și nici o nouă Madrasah nu a fost înregistrată de la independență. Cei care doresc să devină un lider religios pot obține o educație șiită doar mergând în Iran, dar gradele șiate primite în Iran nu sunt recunoscute de guvernul uzbec. Acest lucru are ca rezultat un deficit de lideri șiiți recunoscuți oficial.