Epava Ngomeni este format din rămășițele unei nave comerciale portughez din secolul al 16 - lea. Descoperită de pescari în anii 1980, a fost anunțată în 2006 la Muzeul Malindi. Se află la 5 m adâncime, la trei kilometri de coasta Ngomeni, la nord de Malindi, în Kenya.
Săpăturile au fost efectuate pe un sit de 20 x 40 m. Au dezvăluit o barcă mare și relativ bine conservată. Transporta coarne de fildeș și animale, obiecte din ceramică islamică verde și neagră, precum și lingouri de cupru care purtau marca Fugger . În plus, arheologii au găsit ghiulele și ancore de piatră, plăci de plumb, cuie de fier și numeroase concrețiuni. La sfârșitul săpăturilor, situl a fost din nou acoperit pentru a-l conserva mai bine. Este planificat să-l transforme într-un muzeu subacvatic pentru a promova dezvoltarea turismului. Probele colectate sunt depozitate la muzeul Fort Jesus .