Atracția ramurilor lungi

Atracția ramură lungă (LBA sau la Atracție Long Branch în limba engleză) este un artefact în reconstrucție filogenia determinând gruparea taxoni care evoluează la fel de rapid , fără a în nici un fel să reflecte adevărata lor relație. Acest fenomen este legat de acumularea de substituții convergente care sunt interpretate ca sinapomorfii . Atracția ramurilor lungi afectează în special metodele de parsimonie , în special deoarece acestea nu permit o diferență în ratele de substituție.

Ramuri lungi celebre

• Unul dintre cele mai faimoase exemple de erori filogenetice atribuite atracției ramurilor lungi este ipoteza provocatoare a parafiliilor rozătoarelor propusă la începutul anilor 1990. Cobaiul a fost exclus din rozătoare într-un mod deosebit de surprinzător. Din fericire, a fost reintrodus în urma unei serii de publicații contradictorii pe acest subiect în revista Nature .

• Legăturile de rudenie dintre animalele bilaterale au făcut obiectul unei dezbateri intense cu privire la poziția în arborele a două filuri a căror evoluție a fost foarte rapidă: nematodele și platihelmintii . Consensul actual este că aceste două grupuri sunt incluse, respectiv, în cele două clade protostomale majore , ecdiozoanii și lofotrocoza . Morfologia lor simplă ar fi apărut după pierderea multor personaje ancestrale . Această topologie, considerată a fi acceptată, a fost contestată de numeroase analize filogenomice , a căror relevanță a fost în cele din urmă pusă sub semnul întrebării datorită eșantionării taxonomice reduse.

Limitați ramurile lungi

Pot fi puse în aplicare diferite strategii pentru a limita această problemă:

• metodele de inferență filogenetică de tip probabilistic, cum ar fi probabilitatea maximă sau inferența bayesiană , permit reducerea fenomenului de atracție pe ramuri lungi, permițând diferențe în rata de evoluție ( legea gamma , covarion ) și prin descrierea realistă a proceselor de substituție ,
• adăugarea taxonilor într-o analiză filogenetică permite „ruperea ramurilor lungi”, facilitând estimarea lungimilor reale ale ramurilor. Valoarea acestui proces depinde mai ales de grupul taxonomic studiat.
• Recent, dezvoltarea de către N. Lartillot a unui nou model de evoluție moleculară, modelul CAT, a făcut posibilă limitarea drastică a anumitor fenomene de atracție, în special în analizele filogenomice . Acest model face posibilă explicarea eterogenității siturilor de aliniere prin atribuirea acestora categoriilor care au propriile modalități de evoluție moleculară, aceste categorii reflectând teoretic proprietățile biochimice ale domeniilor și ale aminoacizilor în cauză.

Articole similare

• Parsimonia maximă

Note și referințe

1. (în) Bergsten, J. (2005): O recenzie a atracției cu ramuri lungi. Cladistica 21 (2): 163-193 .
2. (în) Felsenstein, J. (2004): deducerea filogeniilor . Sinauer Associates, Sunderland, MA.
3. (ro) Graur D, Hide WA, Li WH. Este cobaiul un rozător? Natura 1991; 351: 649-52.
4. (în) Pe Erchia A Gissi C Pesole G Saccone C Arnason U. Cobaiul nu este un rozător. Natura 1996; 381: 597-600.
5. (en) Madsen O, Scally M, Douady CJ și colab. Radiații adaptive paralele în două clade majore de mamifere placentare. Natura 2001; 409: 610-4.
6. (în) Murphy WJ Eizirik E, Johnson WE, și colab. Filogenetica moleculară și originile mamiferelor placentare. Natura 2001; 409: 614-8.
7. (în) Halanych, KM, The New View of Animal Phylogeny, Annual Review Ecology and Evolution, 2004. DOI : 10.1146 / annurev.ecolsys.35.112202.130124
8. (în) Lartillot N, H Brinkmann, Philip II (2007) Suprimarea artefactelor de atracție cu ramuri lungi în filogenia animalelor utilizând un model eterogen pe site-ul web. BMC Evol Biol. 8 ; 7 Supliment 1: S4.