Steagul de Zanzibar sa schimbat de multe ori , în funcție de guvernele succesive.
Sultanatul Zanzibar
6 aprilie 1861 - 1890
Protectoratul Zanzibarului
1890 -10 decembrie 1963
Sultanatul Zanzibar
10 decembrie 1963 - 12 ianuarie 1964
Republica Populară Zanzibar
Ianuarie 1964
Republica Populară Zanzibar
12 ianuarie 1964 - 26 aprilie 1964
Guvernul revoluționar din Zanzibar
26 aprilie 1964 - În curs
Pemba folosit propriul pavilion18 ianuarie 1964la sfârșitul lunii în timpul existenței Republicii Populare Pemba .