ATAC-Seq

Acronimul ATAC-seq provine din limba engleză Un ssay pentru T ransposase- A ccessible C hromatin cu highthroughput următoarele uencing . Aceasta este o tehnică utilizată în biologia moleculară pentru a caracteriza regiunile accesibile ale cromatinei, precum și într-o măsură mai mică poziționarea nucleozomală în jurul lor. Această metodă a fost descrisă pentru prima dată în 2013.

Descriere

Principiul ATAC-seq se bazează pe modul de acțiune al transposazei Tn5 asupra ADN - ului genomic al probei. Transpozazele sunt enzime care catalizează mișcarea transpozonilor către alte părți ale genomului . Deși transpozazele naturale au un nivel scăzut de activitate, ATAC-seq folosește o transpozază mutantă hiperactivă.

utilizare

Transpozoni sunt încorporate , de preferință , în regiunile genomice lipsite de nucleosomes ( regiuni-nucleozomilor liber în limba engleză). Astfel, o îmbogățire a secvențelor anumitor loci ai genomului indică absența nucleozomilor sau a altor interacțiuni ADN-proteină.

Beneficii

Avantajele ATAC-seq includ:

  1. Cerințe privind cantitatea de probă biologică redusă. 50.000 de celule sunt suficiente pentru această tehnică, spre deosebire de alte tehnici precum MNase-Seq sau DNase-Seq care necesită cel puțin 100 de ori mai mult material.
  2. Viteză: întregul protocol necesită un total de 3 ore.

Note și referințe

  1. Jason D Buenrostro , Paul G Giresi , Lisa C Zaba , Howard Y Chang și William J Greenleaf , „  Transpunerea cromatinei native pentru profilarea epigenomică rapidă și sensibilă a cromatinei deschise, proteinele de legare a ADN-ului și poziția nucleozomului  ”, Nature Methods , vol.  10, n o  12,6 octombrie 2013, p.  1213–1218 ( DOI  10.1038 / nmeth.2688 )
  2. Jason D. Buenrostro , Beijing Wu , Howard Y. Chang și William J. Greenleaf , „  ATAC-seq: A Method for Assaying Chromatin Accessibility Genome-Wide  ”, Current Protocols in Molecular Biology ,ianuarie 2015( DOI  10.1002 / 0471142727.mb2129s109 )

linkuri externe