Principalele religii din Eritreea sunt creștinismul și islamul , între care populația țării este împărțită în mod egal. Majoritatea creștinilor eritreeni fac parte din Biserica Ortodoxă Eritreană , o biserică monofizită în comuniune cu omologii săi etiopieni (de care s-a separat în 1993) și egipteni (de care s-a separat în 1952). Musulmanii se referă în principal la sunnism și la școala Shafi'i .
Din 2002, toate grupurile religioase au fost interzise, cu excepția a cinci grupuri autorizate de stat:
Conform Raportului anual 2006 privind libertatea religiei în lume , membrii grupurilor neautorizate (evanghelici independenți, penticostali, Martorii lui Iehova etc.) și membrii mișcării reformiste a Bisericii Ortodoxe Eritreene sunt hărțuiți și închiși. Potrivit Amnesty International , zeci de membri ai acestor mișcări sunt reținuți pentru practicarea religiei lor. Pot fi torturați sau forțați să se convertească.
În 2005, Patriarhul Bisericii Ortodoxe Eritreene Antoine I er a fost depus pentru a protesta împotriva arestării a trei preoți ortodocși; a fost înlocuit de un patriarh numit de guvern.